棉子低聚糖是一种采用物理萃取方式从植物中提取的纯天然功能性低聚糖，主要成分是棉子糖。棉子低聚糖于2010年被卫生部批准为新资源食品（详见卫生部2010年第3号公告），2010年12月，国家行业标准“棉子低聚糖”（GH/T1063-2010）正式颁布实施。

棉子低聚糖为白色粉末，主要成分棉子糖是自然界中存在最广泛的一种三糖，由半乳糖、果糖和葡萄糖结合而成，也被称为蜜三糖。棉子糖为白色或淡黄色晶状粉末。一般结晶体带有5分子的结晶水，缓慢加热100℃会丧失结晶水。水溶液的比旋光度[α]D为+105°。带结晶水的产品熔点为80℃。棉子低聚糖中占90%以上的主成分为棉子糖。棉子糖广泛存在于甜菜、棉籽、蜂蜜、卷心菜、酵母、马铃薯、葡萄、麦类、玉米和豆科植物种子中，它是除蔗糖外在植物中分布最广的低聚糖，它对植物的生长和发育起重要的作用，同时它也是大家熟知的大豆低聚糖的主要成分之一。
棉子低聚糖不仅具有良好的双歧杆菌增殖等生理功能，还具有耐酸、耐高温、不吸湿、能量低等优良的理化性质，为其在食品行业中的应用创造了条件。
在日本和欧美，利用棉子低聚糖增殖肠道有益菌群的性能，将其作为牛奶、酸奶等乳制品的功能性添加剂饲用，提高消化吸收率，增强人体免疫力；利用耐酸、耐热的特性，用于酸性食品饮料和焙烤食品（如面包）的功能甜味剂；利用其不易吸湿，流动性好的特点，将其与其它粉末配料混合制成粉末状、颗粒状、片状及胶囊状的功能性食品，亦可作为忌湿性口香糖、小甜饼干、糖果等产品的理想添加剂；利用其在高温情况下易溶的特点，与蔗糖一起共用时能抑制蔗糖可能的结晶析出，成为制备各种中西式糕点及巧克力等产品的功能性甜味剂；将棉子糖通过衍生化制成棉子糖多酯，可作为低热的脂肪代用品，食用后可减少肥胖的发生；在不采用包埋形式的情况下，将棉子低聚糖作为稳定剂添加在含高不饱和物质的食用级乳状液（如鱼油）中，可延长食品的货架寿命。